尼奧（基努·里維斯Keanu Reeves 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯Carrie-Anne Moss 飾）重回矩陣：在這裡，一個是矩陣創造出來，周而復始的日常世界，另一個則是隱藏其後，真實的人類世界。為了弄清楚自己所處的“現實”究竟是真是假，尼奧不得不再次做出選擇……